申请日本留学护照的流程如下：

前往户籍所在地出入境管理部门

本人需亲自前往户口所在地的市、县公安局出入境管理部门提出申请。

填写申请表格

填写完整的“中国公民出国申请审批表”一式两份，并贴有本人近期正面免冠照片（二寸）。

提交必要材料

提交个人身份证原件及复印件。

提交户口本原件及复印件。

提供学历证明（毕业证书或学位证书）。

提供英语能力证明（如雅思或托福成绩单）。

提供日本学校录取通知书。

提供经济证明，如银行存款证明。

若为公派留学，需填写《公派留学人员申请护照登记表》。

若为自费留学，需提交省级教育主管部门出具的“自费留学资格审核证明”。

照相和复印材料

在指定的照相馆拍摄符合要求的照片，并提交照片回执。

复印身份证和户口本等相关材料。

缴费和领证

缴纳护照办理费用（一般为200元/本）。

领取护照及缴费收据。

办理签证

获得日本学校录取通知书后，需办理日本留学生签证，填写签证申请表并提交相关材料。

建议在申请护照前，先咨询当地的出入境管理处，了解具体的申请流程和所需材料，以确保申请过程顺利。