日本留学硕士的弊端主要包括以下几点：

门槛高

从中国直接申请日本研究生并不容易，教授会综合考虑学生的材料，如日语水平（通常要求二级以上）、托福成绩（80分以上）、平均分（80分以上）等。

申请过程复杂，需要准备的材料多，且竞争激烈，即使是非常优秀的学生也可能被淘汰。

日语水平不足

研究生阶段的学习不像本科生有系统的日语课程，即使可以旁听一些日语课程，基础也不扎实，难以在短时间内提高日语水平。

部分学生可能因无法跟上授课进度而中途退出学习。

非正式生身份

研究生不是正式生，因此不能获得学分，不能享受学生优惠，奖学金项目少之又少，学费减免的可能性也很小。

研究计划书难度高

日本的研究生留学采用导师制，学生必须提前联系并获得导师的认可，研究计划书是导师评估学生研究能力和学习水平的重要依据。

由于中日在教育、思维方式、研究方法上的差异，中国学生撰写的研究计划书往往难以达到导师的标准。

时间成本高

去日本留学读研需要2年时间，再加上读语言学校或研究生（research student），总共需要2.5-3年。

生活成本高

日本的物价较高，尤其是房租和水果等生活必需品，生活成本不低。

政治和自然灾害风险

需要考虑政治形势的变化，尤其是中日关系的变化可能会影响留学计划。

日本地震和自然灾害频发，虽然日本学生有应对灾难的经验，但国际学生可能需要更多的准备和适应。

综上所述，日本留学硕士虽然有很多优势，如文化接近、教育严谨等，但同时也存在一些明显的弊端，申请者需要仔细评估自身条件和目标，做好充分的准备和规划。