日本留学签证申请中，银行流水被拒签的主要原因包括：

银行保证金金额不足

申请日本留学签证需要提供足够的银行保证金，一般建议为20万人民币以上。如果保证金金额低于这个数字，可能会被拒签。

银行流水无法证明与学生本人的关系

银行流水需要清楚显示资金来源，最好是大银行开具的相关证明，以便入管局认可。此外，担保人需要有稳定的职业和收入来源，如果经济担保人工作不稳定，被拒签的可能性会更大。

经费支付能力不足

需要提交合理的银行流水账单，显示每月收入持续稳定，余额充足，并且能够解释大额入账的原因。留学时需要提供20万人民币的存款证明，即使有其他定期存单，银行流水中余额也应足够多。

材料真实性问题

入管局对材料的真实性要求越来越高，任何造假行为都可能导致拒签。因此，提交的所有材料都必须真实有效，包括银行流水。

其他原因

除了上述原因外，入管局还可能根据申请人的整体情况，如过去在留情况、学习经历、学习意愿和能力等因素进行判断。如果申请内容不可信，也可能导致拒签。

建议

确保保证金金额充足：提前准备好20万人民币以上的银行保证金，并确保资金来源合法。

提供清晰的银行流水：选择大银行开具的流水证明，确保每月收入稳定，余额充足，并解释大额入账的原因。

材料真实性：所有提交的材料都必须真实有效，避免任何造假行为。

提前规划：提前准备好所有必要的材料，并在规定时间内提交，确保材料齐全且无误。

通过以上准备，可以有效降低因银行流水问题导致的拒签风险。