日本留学签证拒签的理由主要包括以下几点：

入国经历和在留情况

有遣返经历或强制驱逐经历。

过去有不良的在留情况，如出勤率低。

没有申报过去的入国经历。

申请内容的可信度

对于过去所指出的拒签理由书既无说明，也没有证明。

申请人的经历等资料不具有匹配性或合理性。

材料造假，如私自刻假章、做假证明等。

学习意志和能力

学习履历和就学理由不匹配。

学习意志和能力的证明不充分。

日语学习经历或能力没有可信度。

经济支付能力

存款证明不足以证明有足够的留学经费。

无法证明有持续、稳定地支付学生在留过程中费用的能力。

经费支付关系的资料不具有可信度。

材料的真实性和完整性

提交的材料被使领馆发现有错误或者不真实。

需要的材料没有全部提交，有缺漏。

其他原因

没有明确的学习目的，以留学为借口到日本打工。

未能及时办理相关手续或违反了规定。

建议申请人在准备日本留学签证时，务必认真对待以上各项，确保所有材料的真实性和完整性，并提前准备好充分的经费证明和学习计划。如果有任何不良记录或材料造假，应尽早进行解释和补充，以提高签证申请的成功率。